Τεχνολογίες αλληλούχισης DNA επόμενης γενιάς: μία ενδελεχής ανασκόπηση

Ευαγγελία Βούλγαρη, Νικόλαος Σπανάκης, Αθανάσιος Τσακρής
Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών

Η τελευταία δεκαετία έχει υπάρξει καταλυτική στον τομέα των τεχνολογιών αλληλούχισης DNA,
με την εισαγωγή νεοτέρων μηχανημάτων ικανών να πραγματοποιούν παράλληλη αλληλούχιση
σε μαζική πλέον κλίμακα. Στόχος του άρθρου αυτού αποτελεί η περιεκτική απεικόνιση της συγ-
κλονιστικής αυτής τεχνολογικής διαδικασίας ξεκινώντας από τις αρχικές μέρες της αλληλούχισης
κατά Sanger και φτάνοντας μέχρι τις νεότερες πλατφόρμες δεύτερης και τρίτης γενιάς. Στην ανα-
σκόπηση περιγράφονται ορισμένες από τις πιο ευρέως διαδεδομένες τεχνολογίες αλληλούχισης
επόμενης γενιάς συγκριτικά με την αλληλούχιση κατά Sanger, ενώ επίσηςσυζητούνται και οι προ-
κλήσεις που απορρέουν από αυτές τις καινούργιες τεχνολογικές εφαρμογές.

Λέξεις κλειδιά
τεχνολογίες αλληλούχισης επόμενης γενιάς, next generation sequencing

Λοιμώξεις από Bartonella: κλινικές εκδηλώσεις, διαγνωστικές τεχνικές και θεραπεία

Μαρία Μαυρούλη, Γεωργία Βρυώνη, Ιωσήφ Παπαπαρασκευάς, Βιολέττα Καψιμάλη
Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών, Αθήνα

Τα είδη Bartonella spp. αποτελούν Gram-αρνητικά βακτήρια που είναι υπεύθυνα για αρκετές ανα-
δυόμενες και επανεμφανιζόμενες ασθένειες σε όλο τον κόσμο. Η πλειοψηφία των λοιμώξεων
στον άνθρωπο προκαλείται από την Bartonella henselae, την Bartonella quintana και την Bartonella
bacilliformis. Οι κλινικές εκδηλώσεις της λοίμωξης από Bartonella κυμαίνονται από ήπια
και αυτοπεριοριζόμενη μέχρι απειλητική για τη ζωή ασθένεια, η οποία πρέπει να αντιμετωπίζεται
με την κατάλληλη αντιμικροβιακή αγωγή. Η σοβαρότητα των λοιμώξεων σχετίζεται άμεσα με
την ανοσολογική κατάσταση των ασθενών. Λόγω βελτίωσης των διαγνωστικών τεχνικών, το
φάσμα των κλινικών εκδηλώσεων της νόσου έχει επεκταθεί και περιλαμβάνει την περιφερειακή
λεμφαδενοπάθεια, τη βακτηριαιμία, τον πυρετό αγνώστου αιτιολογίας, την ενδοκαρδίτιδα, τη
βακτηριακή αγγειωμάτωση και την ηπατική πελίωση. Σε αυτή την ανασκόπηση συνοψίζονται οι
τρέχουσες γνώσεις σχετικά με τη μικροβιολογία, τις κλινικές εκδηλώσεις, τις διαγνωστικές τεχνι-
κές και τη θεραπεία των λοιμώξεων από Bartonella.

Λέξεις κλειδιά
Bartonella, λεμφαδενοπάθεια, βακτηριακή αγγειωμάτωση
πελίωση ήπατος, ανοσοφθορισμός, θεραπεία

Εργαστηριακή επιτήρηση γρίπης στη Βόρεια Ελλάδα, 2014-2015

Αγγελική Μελίδου, Μαρία Εξηντάρη, Γεωργία Γκιούλα, Νικόλαος Μαλισιόβας
Εθνικό Κέντρο Αναφοράς Γρίπης Β. Ελλάδας, Β’ Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Τμήμα Ιατρικής,
Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Θεσσαλονίκη

Η γρίπη σταθερά απειλεί τη δημόσια υγεία με τις ετήσιες επιδημίες της. Στην παρούσα εργασία
παρουσιάζονται τα αποτελέσματα του εργαστηριακού ελέγχου της γρίπης όπως πραγματοποι-
ήθηκε στο Εθνικό Κέντρο Αναφοράς Γρίπης Β. Ελλάδας κατά το 2014-2015. Από την 40ή εβδομάδα
2014 έως και την 20ή του 2015, ελέγχθηκαν 519 δείγματα, εκ των οποίων ανιχνεύθηκαν και οι 3
τύποι ιών γρίπης Α(Η1Ν1) pdm09, Α(Η3Ν2) και Β σε ποσοστό 39,1%. Ακολούθησε μοριακή ανά-
λυση της αιμοσυγκολλητίνης και της νευραμινιδάσης αντιπροσωπευτικών στελεχών, ώστε να αξιο-
λογηθεί η αποτελεσματικότητα του εμβολίου και των αντιιικών φαρμάκων. Τα στελέχη Α(Η1Ν1)
pdm09 παρουσίαζαν αντιγονική συγγένεια με αυτά του εμβολίου, στα στελέχη των ιών Β παρα-
τηρήθηκαν αλλαγές που οδήγησαν στην αλλαγή του στελέχους του εμβολίου για το επόμενο έτος,
ενώ παρατηρήθηκε σημαντική γενετική απόκλιση των στελεχών Α(Η3Ν2) σε σχέση με το στέλεχος
του εμβολίου, που οδήγησε στην χαμηλή αποτελεσματικότητά του. Κανένα ανθεκτικό στην οσελταμιβίρη
στέλεχος δεν ανιχνεύθηκε. Όπως συμβουλεύει και ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας, η συνεχής
επιτήρηση των ιών της γρίπης είναι απαραίτητη σε εθνικό και διεθνές επίπεδο.

Λέξεις κλειδιά
γρίπη, Β. Ελλάδα, γενετικός χαρακτηρισμός, εμβόλιο,
οσελταμιβίρη

Μελέτη της εξέλιξης της συχνότητα των καντινταιμιών και έλεγχος ευαισθησίας των στελεχών Candida spp σε διάστημα μιας δεκαετίας σε τριτοβάθμιο γενικό νοσοκομείο

Μαρία Ορφανίδου, Γεώργιος Γκαντέρης, Ελένη Βαγιάκου
Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Γενικό Νοσοκομείο Αθηνών «Γ. Γεννηματάς», Αθήνα

Πρόσφατες μελέτες αποκαλύπτουν αύξηση στη συχνότητα των καντινταιμιών και αλλαγές που
αφορούν τα είδη των απομονωθέντων στελεχών Candida, καθώς και της ευαισθησίας τους στα
αντιμυκητιασικά φάρμακα. Σκοπός του παρόντος ήταν να μελετήσει τη συχνότητα απομόνωσης
και να ελέγξει την ευαισθησία σε αντιμυκητιασικά φάρμακα στελεχών Candida spp απομονω-
θέντων από αιμοκαλλιέργειες τριτοβάθμιου Νοσοκομείου Αθηνών, σε δύο περιόδους, διάρκειας
τριών ετών η καθεμία (Περίοδος 1: 1/1/2004-31/12/2006 και Περίοδος 2: 1/1/2012-31/12/2014).
Κατά τη διάρκεια της μελέτης αιμοκαλλιέργειες από νοσηλευόμενους ασθενείς στάλθηκαν στο
εργαστήριο για διαγνωστικούς σκοπούς. Κατά την Περίοδο 1 απομονώθηκαν 71 στελέχη Candida
(2,7%) και την Περίοδο 2, 148 στελέχη (4,3%). Η προέλευση των στελεχών στην Περίοδο 1 ήταν:
Παθολογικές κλινικές 32/71 (45,1%), Χειρουργικές κλινικές 24/71 (33,8%), Μονάδα Εντατικής Θε-
ραπείας (ΜΕΘ) 15/71 (21,1%) και στην Περίοδο 2: 92/156 (59%), 35/156 (22,4%), 29/156 (18,6%),
αντίστοιχα. Στην Περίοδο 1, το επικρατούν στέλεχος ήταν C. albicans (29/71-41%) και ακολου-
θούσαν C. parapsilosis (15/71-21%), C. glabrata (13/71-18%), C. tropicalis (7/71-10%) και C. famata
(2/71-3%). Αντιθέτως, στην Περίοδο 2, το επικρατούν στέλεχος ήταν C. parapsilosis (64/148-
43,2%) και ακολουθούσαν C. albicans (54/148-36,5%), C. glabrata (15/148,10-1%), C. famata
(10/148-6,7%) και C. tropicalis (5/148-3,4%). Τα ποσοστά αντοχής στην Περίοδο 1 ήταν: fluconazole
8,8%, voriconazole 1,2%, flucytosine 1,2% και στην Περίοδο 2: fluconazole 10,8%, voriconazole
1,3%, flucytosine 2%. Όλα τα στελέχη Candida ήταν ευαίσθητα σε caspofungin και
amphotericin B. Συμπερασματικά, παρατηρήθηκε σημαντική αύξηση, σχεδόν διπλάσια, της συ-
χνότητας της καντινταιμίας κατά τη δεύτερη περίοδο μελέτης (p: 0,0258). Η συχνότητα της καν-
τινταιμίας αυξήθηκε στις Παθολογικές Κλινικές, παρέμεινε παρόμοια στη ΜΕΘ και μειώθηκε στις
Χειρουργικές Κλινικές. Αξιοσημείωτη είναι η επικράτηση της C. parapsilosis (p: 0,0014) στην
Περίοδο 2 σε αντίθεση με αυτή της C. albicans στην Περίοδο 1. Δεν παρατηρήθηκαν σημαντικές
διαφορές στα ποσοστά αντοχής σε fluconazole, voriconazole, flucytosine στις δύο περιόδους,
ενώ αποτελεσματική θεραπευτική αγωγή, όσον αφορά το νοσοκομείο μας, φαίνεται να αποτε-
λούν οι echinocandines και amphotericin B. Η παρατηρούμενη αντοχή στα στελέχη Candida υπα-
γορεύει την ανάγκη κατευθυνόμενης θεραπευτικής αγωγής με βάση τον έλεγχο ευαισθησίας στις
περιπτώσεις καντινταιμίας.

Λέξεις κλειδιά
καντινταιμία, εξέλιξη, επιδημιολογία, ταυτοποίηση,
ευαισθησία, τριτοβάθμιο νοσοκομείο

Η διαχρονική εξέλιξη των λοιμωδών νοσημάτων και της Μικροβιολογίας στην Ελλάδα τον 19ο αιώνα μέσα από τις επιστημονικές ανακοινώσεις στην Ιατρική Εταιρεία Αθηνών (1835-1900)

Κωνσταντίνος Τσιάμης1, Γεωργία Βρυώνη1, Ευάγγελος Βογιατζάκης2, Αθανάσιος Τσακρής1
1Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, Εθνικό & Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
2Εργαστήριο Μικροβιολογίας ΓΝNΘΑ «Η Σωτηρία», Αθήνα

Αντικείμενο της εργασίας είναι η παρουσίαση της εξέλιξης της Μικροβιολογίας και του νοσολογι-
κού φάσματος της Ελλάδας, το 19ο αιώνα. Πηγή πληροφόρησης αποτέλεσαν οι διαλέξεις στην Ια-
τρική Εταιρεία Αθηνών, κατά την περίοδο 1835-1900 και αφορούν μικροβιολογικά θέματα
διαφόρων ιατρικών πεδίων όπως Μικροβιολογία, Επιδημιολογία, Υγιεινή, Παθολογία, Παιδιατρική,
Γυναικολογία, Οφθαλμολογία, Ωτορινολαρυγγολογία και Αφροδισιολογία-Δερματολογία. Από την
ανάλυση των ανακοινώσεων φαίνεται ότι η Ελλάδα εμφάνιζε, τουλάχιστον βιβλιογραφικά, τα ίδια
όπως και η λοιπή Ευρώπη λοιμώδη νοσήματα και συγκεκριμένα νοσήματα όπως η πανώλης, η
ελονοσία, η ευλογιά, η χολέρα, ο τύφος, η φυματίωση και η λύσσα, που ουσιαστικά ορίζουν ένα
πάγιο ενδημικό «φάσμα» της χώρας. Από τα μέσα του 19ου αιώνα, στα ήδη υπάρχοντα προβλή-
ματα δημόσιας υγείας προστίθενται η μηνιγγίτιδα, η οστρακιά, ο κοκκύτης, η εχινοκοκκίαση, η δι-
φθερίτιδα, το τράχωμα και η λέπρα. Για την πλειονότητα των νοσημάτων, η κατάσταση παρέμεινε
αναλλοίωτη μέχρι τις πρώτες δεκαετίες του 20ού αιώνα, κυρίως λόγω της έλλειψης ενδεδειγμένης
αντιμικροβιακής θεραπείας, αλλά και λόγω της ελλιπούς υγειονομικής οργάνωσης.

Λέξεις κλειδιά
Δημόσια Υγεία, Ελλάδα, Ιατρική Εταιρεία Αθηνών, Ιστορία
Μικροβιολογίας

Ερωτήσεις – Απαντήσεις